Tham dự có 16 đội chia làm 2 bảng: Bảng A gồm 8 đội khu vực phía Bắc - Trung - Cao nguyên: Quân khu 3, Quảng Ninh, Hà Tĩnh, Quân khu 4, Kon Tum, Đăk Lăk, Lâm Đồng, Khánh Hoà. Bảng B gồm 8 đội khu vực miền Đông - Thành phố Hồ Chí Minh - miền Tây Nam bộ: Bình Thuận, Đồng Nai, Thanh niên NHĐA, Tây Ninh, Bến Tre, Ngói Đồng Tâm, Long An, Vĩnh Long, Trà Vinh [2]. Mỗi bảng sẽ thi đấu vòng tròn lượt đi và về từ 27/6 - 15/8/2004 đội nhất nhì vào vòng chung kết(VCK) sẽ thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm trên sân trung gian từ 21/8 - 31/8. Đội vô địch và á quân sẽ được thưởng lần lượt 30 triệu đồng (vô địch V-League được thưởng 500 triệu đồng), 20 triệu đồng và cùng được thăng hạng nhất năm 2005. LĐ chưa xác định được thời gian và địa điểm của VCK. Khác với V-League và giải hạng nhất, giải hạng nhì cầu thủ ngoại không được thi đấu.